Επιστροφή στο Άγιο Όρος

Το 1964 επέστρεψε στο Άγιο Όρος και έμεινε στη Σκήτη Τιμίου Προδρόμου Ιβήρων. Την εποχή εκείνη ήταν υποτακτικός του Ρώσου μοναχού Τύχωνα, που ασκήτευε στο Σταυρονικητιανό κελλί του Τιμίου Σταυρού^{[εκκρεμεί παραπομπή]} μέχρι το θάνατό του το 1968, μετά τον οποίο, ακολουθώντας την επιθυμία του Τύχωνα, έμεινε στο κελί του για έντεκα χρόνια. Τον ίδιο χρόνο, συμβούλεψε έναν από τους κοντινότερους μαθητές του, τον Βασίλειο Γοντικάκη, να γίνει ηγούμενος για να βοηθήσει την ανακατασκευή της Ιεράς Πατριαρχικής και Σταυροπηγιακής Μονής Σταυρονικήτα, που ήταν σημαντικό βήμα για την αναβίωση του μοναχισμού στον Άθω.^[9] Ο Γέροντας Παΐσιος ευλαβείτο πολύ το Γέροντά του, Τύχωνα, και πάντα μιλούσε με συγκίνηση γι' αυτόν.

Το 1966 ασθένησε σοβαρά και εισήχθη στο Νοσοκομείο "Γεώργιος Παπανικολάου" της Θεσσαλονίκης. Υποβλήθηκε σε εγχείρηση, με αποτέλεσμα μερική αφαίρεση των πνευμόνων. Στο διάστημα μέχρι να αναρρώσει και να επιστρέψει στο Άγιο Όρος φιλοξενήθηκε στο Ιερό Ησυχαστήριο Αγίου Ιωάννου του Ευαγγελιστού στη Σουρωτή. Επέστρεψε στο Άγιο Όρος μετά την ανάρρωσή του και το 1967 μετακινήθηκε στα Κατουνάκια, και συγκεκριμένα στο Λαυρεώτικο κελί του Υπατίου. Μετά μεταφέρθηκε στη Μονή Σταυρονικήτα όπου βοήθησε σημαντικά σε χειρωνακτικές εργασίες, συνεισφέροντας στην ανακαίνιση του μοναστηριού.